這是于前作結束100年后的故事。主角是一位高中一年生，一天放學回家時，突然被一團光包圍著，然后就帶到稱為「京」的異世界去了。

那時候的京，正分為帝和院（前任的帝）兩股勢力，就連貴族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨雖是被龍神挑選出來的龍神之神子，負上拯救京的責任，但為了守護神子而被選出來的八葉，卻并不認同花梨是神子，而且八人之間亦因為分裂成兩個政治黨派而彼此不和。

花梨一邊要令八葉成為自己的伙伴，一邊則為拯救京而努力

煩惱的戀愛

跟前作一樣，游戲流程會分為主流故事與及跟八葉之間的戀愛故事兩部分。不過于遙２中，因加入院帝兩股勢力的政治元素，令神子在偏向其中一方時，另一方的八葉便會視神子為反對派，雖然還未至于變成敵人，但其好感度則肯定極之低落。在這樣持相反意見的情況下，要跟另一方的八葉提升好感度，實在頗具難度。這就是所謂的「煩惱戀愛模式」了。

新戰斗應援系統

于京的周圍散策遇上怨靈時便會進入戰斗畫面，戰斗形式基本上沒什么改變，但在替八葉應援時，可因應八葉的性格，向同一八葉連續說兩句不同的應援合詞，組合得宜的話便可達成「應援COMBO」，使該八葉的集中力得到大量提升。