《喋血雙雄》的故事主要環繞在兩個主角Kane和Lynch身上，Kane為冷血的作戰傭兵，在一次任務之后，他決定退出傭兵的職業，自首后被判處了死刑，而Lynch則是個精神病患，原本有著正常的家庭，卻在精神失常的時候殺了自己的家人，也被判處了死刑，兩人在搭乘囚車前往監獄時，遇上了來救援的組織，但Kane可是一點都不想被組織所救，最后兩人都獲救，而Lynch也因此加入了組織，但因為它的精神上有些失常，在進行任務時，往往看起來比Kane還要冷血。製作小組運用兩人的是非黑白混亂交錯的方法，讓玩家進入甚么是正義和邪惡的沉思當中，在進行任務的同時，往往認為對的，最后可能是錯誤的結果，劇情相當引人入勝，跟著故事劇情，游戲也會慢慢帶出兩人的過去。