《魂斗羅4》發生在《魂斗羅 III 異形戰爭》兩年之后。在從紅色獵鷹手中拯救了地球之后，Bill Rizer和Lance Bean又面臨著新的宇宙生物的威脅——黑蛇組織。此次外星軍隊還聯合了唯利是圖的雇傭軍部隊瘋狗和毒蝎。我們的勇士們又將面對一場新的戰爭。

《魂斗羅4》提煉出2D卷軸游戲的精華，給玩家們帶來跳躍、射擊、緊急躲避等一系列純粹的動作樂趣。利用新的雙屏系統，游戲的動作空間更大，讓玩家有更大的活動區域，也承受著來自全方位的威脅。使用到雙屏的大型BOSS戰需要玩家去尋找并摧毀龐大怪物的弱點。本作還將首次在系列的游戲里引入“抓鉤”這一裝備，讓玩家可以攀爬到環境中的高處。這一道具還讓玩家們可以躲避一些致命的威脅，這會給游戲帶來全新的戰斗思維和戲劇化元素，讓關卡更加緊張刺激。