《口袋妖怪水晶》是模擬器游戲上的經(jīng)典之作。也是是GBC平臺(tái)上口袋妖怪第二世代游戲的第二部作品。它是《口袋妖怪金銀》的第三個(gè)版本。與其他版本不同的是部分怪獸獲得新的升級(jí)技能，相當(dāng)華麗。
主人公在城都地區(qū)的若葉鎮(zhèn)開(kāi)始自己的旅行。首先要在空木博士處領(lǐng)取一只初學(xué)者神奇寶貝。此時(shí)主人公有三個(gè)選擇：炎系的火球鼠，水系的小鋸鱷，草系的菊草葉。之后，玩家就可以開(kāi)始旅行了。
在旅行的途中，需要從坐落于各地的道館收集八個(gè)徽章來(lái)獲得挑戰(zhàn)神奇寶貝聯(lián)盟的資格，還需要與路上各式各樣的訓(xùn)練家和野生神奇寶貝對(duì)戰(zhàn)，并且收服想要的野生神奇寶貝，組成自己的對(duì)戰(zhàn)隊(duì)伍。主人公也需要與邪惡組織火箭隊(duì)對(duì)抗，阻止他們復(fù)活的妄想。主人公還可能在游戲中遇見(jiàn)傳說(shuō)中的神奇寶貝，如水君，炎帝與雷公。運(yùn)氣好的話(huà)還可以遇見(jiàn)鳳王與洛奇亞，這些游戲要素都需要自己去發(fā)掘。
火箭隊(duì)以新面貌再度出現(xiàn)，雖然他們的首領(lǐng)坂木已經(jīng)不在了。他們?cè)诒咀髦械氖滓顒?dòng)地區(qū)為城都地方。主人公將在檜皮市首次對(duì)抗火箭隊(duì)，阻止他們切下呆呆獸的尾巴拿去出售。隨著劇情的發(fā)展，火箭隊(duì)的陰謀一點(diǎn)一點(diǎn)顯現(xiàn)出來(lái)。主人公需要搗毀他們?cè)诳?zhèn)的地下基地，從他們手中奪回被占領(lǐng)的滿(mǎn)金廣播電塔……
在冒險(xiǎn)中，主人公還會(huì)碰見(jiàn)從燒焦塔蘇醒的一只傳說(shuō)中的神奇寶貝，水君。在這個(gè)版本中還有一個(gè)新人物，米那君，夢(mèng)想著能收服水君。
在稱(chēng)霸神奇寶貝聯(lián)盟之后，主人公可以通過(guò)搭乘淺蔥市的阿哥號(hào)來(lái)到關(guān)都地方，在這片與城都地方連接在一起的地方再度展開(kāi)新的冒險(xiǎn)。同樣，這里也有各式各樣的訓(xùn)練家、野生神奇寶貝以及道館在等待著主人公。集齊十六個(gè)徽章之后，主人公將向著城都與關(guān)都的分界線(xiàn)處的白銀山前進(jìn)。在那里，小智正在靜靜地等待著主人公。
前去擊敗他吧，你將創(chuàng)造新的傳說(shuō)。
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