《終極殺手2》的故事發生在《殺手：代號47》事件結束后的幾年之后。前作的主角放棄了以前的殺手工作，呆在一座修道院做一個園藝。殺手每天都向修道院里的神父懺悔過去所犯下的罪行，并且已經開始開始習慣這種平淡的生活。但是有一天，這種平靜的生活被打破了，因為神父被意大利的黑手黨給綁架了。殺手決定去營救自己的朋友.
于是他恢復了往日的身份。他的第一個任務就是侵入當地匪徒首領的家中營救被綁架的神父。前作中殺手的聯絡人Diana還會出現在《終極殺手2》中。盡管你在任務中采取不同的行動方案會產生不同的結果，但在開始每個任務之前，Diana還是會向你介紹每一關的簡要情況。由于你獲得了任務簡報，所以進入游戲之后你可以查看本關的地圖。在地圖上會顯示你的目標所在的方位、潛在的危險點和撤退區域，所以你不會在毫不知情的情況下進入敵人的領域。

操作說明：
“E”是撿東西、開門、換衣服等命令，按住不放再點“W”或“S”鍵選擇，選好后放開。
“Q”是換身上攜帶的武器和物品命令，方法同上。
腳步聲則可以通過連點方向鍵消音（比如連續快速點擊“W”鍵可以無聲向前滑進）。

F1：視角切換，可以在第一人稱和第三人稱間切換，這可以說是這游戲的一大亮點，筆者非常喜歡這一設置，如果以后所有射擊游戲都能這樣就最好不過了。
空格：隱蔽模式，殺手會做出非常小心的姿態，用以翹翹接近敵人而不被敵人發現。勒人時經常需要這樣。
CTRL：蹲下，主要是在狙擊模式時需要用到，因為蹲下時晃動會減小。
G：把手中的物品扔掉，經常需要用到。
Q：選擇屏幕右上方的物品菜單，可以用鼠標滾輪來調節。
E：選擇屏幕左上方的動作菜單，比如開門換衣服之類的動作，也是用鼠標滾輪來調節。