《口袋妖怪：漆黑的魅影6.0》也可以說是神獸版，本版本有兩個個版本。分別是「新奧3主寵版」和「伊宿3主寵版」。兩個版本的唯一區別就是初始的精靈不同，且在對應的版本里無法獲得另一版本的主寵。這個也是由于空位有限而無法同時加入這兩個地區的初始精靈，所以分為這兩個版本，玩家可以根據自己的喜好選擇版本。新的芳緣地區，新的敵人熔巖團和水艦團，新的人物，新的故事，新的神獸，新的雙主角。新增加了2V2的戰斗，增加了選美比賽和秘密基地。

更新內容

1、追加了跳過通關動畫的選項。

2、利用了原本游戲中空閑的25個空位，使得精靈的數量從386增加到了411，并更新了一些精靈為DP或BW的新寵。

3、單機411化。

4、全部的神獸劇情捕捉。

5、技能的物攻特攻判定重新劃分，加入了DP和BW中的一些技能。

6、增強了重要訓練師的PM及其配招。

7、追加了反轉世界的地圖。

8、追加了夢世界的地圖!

9、加入小智、渡、希羅娜和N的對戰：通關后開啟，可與小智、渡、希羅娜和N隨時進行對戰。

10、追加了通關后與前冠軍大吾和副主角叢樹/小遙的再次戰斗。

11、追加了全部家具、樹果、技能機器、進化石以及其他一些重要道具。